Студента ВГИКа пригласили снимать на «Мосфильм», хотя ректор института был против самой идеи этого фильма, считая её «вредной». Несмотря на его заявления, Элем Климов всё же приступил к съёмкам комедии о пионерском лагере, хотя сам никогда там не был… Съёмки фильма могли быть прекращены в любой момент, и каждые три дня Элем Климов интересовался у директора ленты, сколько денег уже потратили, и говорил, что надо тратить больше, чтобы фильм труднее было закрыть. Однажды работу всё-таки попытались прервать: на адрес съёмочной группы в Туапсе пришла телеграмма из «Мосфильма» с требованием вернуться в Москву. Директор картины её прочитал, разорвал на клочки и сказал режиссёру: «А мы этой телеграммы не получали».
На роль товарища Дынина режиссёр с самого начала хотел взять актёра театра «Современник» Евгения Евстигнеева, но против его кандидатуры выступало руководство «Мосфильма». Климову настойчиво предлагали взять Михаила Пуговкина — его бы худсовет утвердил без вопросов. От своей идеи Климов готов был отступить только ради Леонида Куравлёва, но тот был занят на съёмках и от работы отказался. Тогда режиссёр поставил руководству ультиматум: «Не хотите утверждать Евстигнеева, тогда снимайте сами!». Руководство киностудии удивилось такому нахальству вчерашнего студента, но Евстигнеева утвердили. На главную детскую роль — Кости Иночкина — пригласили Витю Косых. Он учился в школе, которая находилась по соседству с «Мосфильмом» и ассисенты часто приходили туда отбирать детей на пробы. Главным критерием для отбора в «Добро пожаловать…» было умение плавать и школьники быстро сообразили, что умеющие сейчас уйдут с уроков демонстрировать своё умение. Плавать вызвался весь класс, включая не умеющего плавать Витю… Отобрали 20 учеников, но пригласили не плавать, а на «Мосфильм» — читать стихи и басни. По результатам проб утвердили Виктора Косых, для которого роль Кости стала дебютом в кино.Роли мальчика, спрашивающего «А чё это вы тут делаете?» первоначально в сценарии не предусматривалось. Появилась она благодаря случаю. Как-то Элем Климов с женой побывал на очередном детском празднике во Дворце пионеров на Ленинских горах. На оборатном пути в троллейбусе он увидел Славу Царёва: «Такого лица я не видел, — вспоминал режиссёр. — От улыбки удержаться невозможно. Как такого упустить! Думаю: ну, раз нет такого персонажа в фильме — надо его придумать». В сценарии его назвали «мальчик с профилем Гоголя». К сожалению, биография Вячеслава Царёва сложилась драматично — он снялся в пяти картинах, но профессией кино для него не стало. Он был разнорабочим, злоупотреблял алкоголем, скончался в 2006 году.
На готовую картину сразу же навесили ярлыки: «антисоветская» и «антихрущёвская». Сначала режиссёр думал, что обвиняют его из-за темы кукурузы, проскальзывающей в картине, а оказалось, что причиной обвинений стал эпизод с «похоронами» бабушки и выносом её увеличенного портрета. «Это они Хрущёва хоронят!» — решили строгие цензоры… Ситуацию спасло вмешательство Сергея Герасимова, который в то время был главной фигурой во ВГИКе. По его настоянию фильм отослали на дачу Хрущёву. Хозяин посмотрел и резюмировал: «А чего вы его держите? Пусть идет! Это смешно!». Через несколько дней после премьеры пленум ЦК КПСС принял решение о снятии Хрущева, и фильм стали показывать только на утренних сеансах. Вот такая история у этого замечательного фильма.